Sélection manuelle des particules

Pour sélectionner manuellement les particules, vous aurez besoin du protocole manual picking.

Note

If you want to skip the picking part, there are already cropped particles in the data/real/ISIM/cropped folder. Import them with the import particles protocol.

Select the SetOfFluoImages we imported previously.

Ensuite, cliquez sur Execute. Une autre fenêtre devrait apparaître.

This Fluoimage List is the state of your picking. Each line represents an image. Double-click on a line to begin the picking. Napari will be launched.

Vous avez ici une visionneuse Napari qui diffère un peu de celle que nous avions dans la section précédente Visualise data with napari.

There is one Picking layer in the layer list on the left panel. When selected, this layer allows you to add, delete or modify bounding boxes. If you want to modify the contrast of the image (like we did previously), click on the image layer.

Cliquez sur le calque Picking pour commencer l’annotation.

Dans les layer controls, vous avez 4 boutons :

• supprime la dernière particule sélectionnée.

• vous permet d’ajouter une nouvelle particule.

• vous permet de sélectionner une particule et de la déplacer comme vous le souhaitez.

• vous permet de naviguer sur l’image par cliquer-glisser.

Zoom-in with the mouse wheel on a particle. Select and drag the rectangle to surround the centriole.

Sur le panneau de droite, vous avez des vues latérales de la particule. Zoomez pour mieux voir le centriole.

You can now adjust the bounding box in all the directions with the mode.

Important

The bounding box should contain the whole particle.

There shouldn’t be any other particles in the bounding box. This can be complicated in some cases. Try to avoid centrioles that are too close to each other!

Naviguez maintenant dans l’image pour trouver une autre particule à sélectionner avec le mode . Une fois que vous en avez trouvé une, vous pouvez revenir au mode et continuer l’annotation.

If you made an error, click on the button.

Une fois que vous avez terminé, fermez simplement la fenêtre.

La fenêtre Fluoimage List vous montre le nombre de particules que vous avez sélectionnées. Vous pouvez double-cliquer à nouveau sur une image pour continuer à sélectionner ou fermer la fenêtre si vous avez terminé.

Note

Pour le reste du tutoriel, il est recommandé d’avoir sélectionné au moins 10 particules.

La boîte de protocole est jaune, cela signifie qu’elle est interactive. Vous pourrez à l’avenir revenir à ce protocole pour ajouter ou supprimer des particules.