Lancer la reconstruction ab initio¶
Sélectionnez la reconstruction ab initio. Ce protocole est facile à utiliser. Sélectionnez simplement les particules extraites et la PSF que vous venez d’importer.
Dans ce protocole, vous pouvez changer le Expert Level (Niveau d’expertise) à Advanced. Cela vous permet de modifier plus de paramètres, notamment dans l’onglet Reconstruction params. Cliquez sur 
pour obtenir des explications.
This protocol will take some time to finish. When executed, a tab in your browser will be opened. It plots the energy after each epochs.
To see if the run is doing well, go to the Output Log tab on the bottom panel.
Here you have run.stdout which prints all the commands that were called during the run;
and, more importantly, run.stderr which gives you the progression of the algorithm.
On line 90, you can see:
00090: particle Particle-16.ome.tiff energy : 269.3: 70%|███████ | 21/30 [00:22<00:09, 1.06s/it]
which reads: Particle-16 has an energy of 269.3. It is the 21th particle processed in the epoch, 9 particles are left. The epoch has been running for 22s and will end in approximately 9s.
On line 131, you can see:
00131: energy : 487.2: 5%|▌ | 1/20 [00:32<10:12, 32.22s/it]
which reads: The mean energy for the 1st epoch is 487.2. The epoch was done in 32s. The rest of the epochs will be done in approximately 10m12s.
- Lorsque le protocole sera terminé, vous aurez 2 sorties :
un volume reconstruit que vous pouvez visualiser
un ensemble de particules avec des rotations approximatives. Ici, la visualisation est la même que celle des particules extraites brutes, mais en interne, chaque particule stocke une rotation trouvée lors de la reconstruction ab initio. Elles seront utilisées dans le protocole de raffinement
refinement.
Le volume reconstruit peut ne pas être aligné avec l’axe vertical. Pour imposer une contrainte de symétrie cylindrique lors du raffinement, nous devons d’abord aligner le volume avec le protocole align axis !
Fig. 2 The ab initio reconstruction you should get¶